Quatro agentes da ditadura militar foram denunciados pelo Ministério Público Federal de São Paulo como responsáveis pela tortura e morte de Virgilio Gomes da Silva em 1969. Virgilio era operário  e militante, e é considerado o primeiro desaparecido político no período do golpe de 1964.

Os agentes denunciados são o major Inocêncio Fabrício de Matos, um dos chefes da Operação Bandeirante, e seus subordinados Homero Cesar Machado, Maurício Lopes Lima e João Thomaz. Todos responderão por homicídio triplamente qualificado (motivo torpe, tortura e impossibilidade de defesa da vítima) e ocultação de cadáver.

Diversas buscam foram realizadas, mas seus restos mortais nunca foram encontrados. Virgilio foi operário da Nitro Química, empresa da categoria que fica em São Miguel, Zona Leste de São Paulo, filiado do PCB e militante do Sindicato dos Químicos.