A grande surpresa das eleições 2006 foi, sem sombra de dúvidas, a derrota do carlismo na Bahia. Jaques Wagner, candidato ao governo do estado pelo PT, até na véspera das eleições, segundo as pesquisas, não chegaria ao 2º turno. O candidato das oligarquias, do coronelismo moderno chefiado por Antônio Carlos Magalhães, Paulo Souto, tinha vantagem. No entanto, foi derrotado nas urnas. Cai com ele a arrogância do já ganhou. O povo baiano deu seu grito de basta.

Jaques Wagner, novo governador eleito com mais de 52% dos votos, foi trabalhador da categoria, diretor do sindicato dos químicos da Bahia. Dirigente da Coordenação Nacional do Ramo Químico, foi um dos fundadores do PT e da CUT naquele estado. Por último foi Ministro do Trabalho e da Coordenação Política, no Governo Lula.

O PT elegeu, além de Wagner na Bahia, Binho Marques, no Acre, Marcelo Déda, em Sergipe, e Wellington Dias no Piauí, este reeleito. É a legenda que obteve a maior votação para deputado federal e, no segundo turno, disputa em dois estados com Ana Júlia, no Pará e Olívio Dutra, no Rio Grande do Sul.