2000 – Acontece o 3º Congresso dos Químicos e Plásticos de São Paulo. Em conjunto com a CUT e outras centrais sindicais o Sindicato participa da manifestação na Avenida Paulista pela correção e pagamento integral das diferenças do FGTS dos planos econômicos (Collor/1999, Bresser e Verão).

2001 – O Sindicato participa em Porto Alegre do 1º Fórum Social Mundial. Em abril inaugura a Subsede em Caieiras. Em Agosto promove Debate sobre os Transgênicos. Em dezembro o Sindicato foi a Brasília na manifestação contra a alteração no artigo 618 da CLT – que previa o fim dos direitos dos trabalhadores.

2002 – É realizado o debate sobre Política Industrial para o Setor Farmacêutico, com o objetivo de contribuir com a formação de uma Política Nacional para o Setor Farmacêutico.

Pela primeira vez na história um trabalhador é eleito Presidente da República: Luiz Inácio Lula da Silva.

2003 – Em 1º de janeiro Lula toma posse como presidente do Brasil. O Sindicato esteve presente em Brasília, na festa da posse. Em março acontece nova eleição para renovação da diretoria. O Governo Federal forma o Fórum Nacional do Trabalho com a participação de representantes dos trabalhadores, empresários e o próprio governo para discutirem a reforma trabalhista e sindical

2004 – Acontece, na sede central, o Seminário Nacional sobre assédio moral.